1999 年始的数年内，一向安宁平静的弘州市先后发生多起针对年轻女性的强奸命案，受害者的皮肤均遭凶手割下奇异的血雏菊形状。负责侦破这场惊天连环凶杀案件的重任，则交到了警察刘一波，和搭档何晨的肩上。而这场斗智斗勇的追凶之旅，一追就是十九年……

以短篇集的形式，推出两篇人气故事“唤石”与“可疑访客”。讲述天生拥有能够看见妖怪能力的夏目，和强大妖怪“斑”组成跨越人与妖怪的组合，为夏目崭新的高中生涯带来众多不同的邂逅…《唤石》篇夏目在森林中遇见小妖怪－「三美」，据它说，它身负著名为「唤石」的职责，负责将具备神格名叫「岩铁」的妖怪从沉睡中唤醒。不过猫咪老师和妖怪们垂涎任务完成后能得到的美酒奖赏，计画要夺取唤石一职。夏目担心三美，决心出手相助――。《可疑的访客》篇田沼身边出现一位不可思议的客人。每天都会出现在他身边，只跟他说了一些话便离去。夏目得知该位客人的真实身分是妖怪后虽然很担心田沼，但田沼本人却对跟妖怪的交流乐在其中。虽然这妖怪似乎无意作恶，但田沼的身体却日渐虚弱。

乔恩带着加菲和欧弟回老家农场过圣诞假期，那里有爸爸，妈妈，道克小子和奶奶，又是一次欢乐闹腾的家庭聚会，并且加菲还为奶奶找到了一份特殊的礼物......

一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任。在此关头，尚在恢复中的斯波克发现这艘外星探测器正尝试与地球上的座头鲸建立联系；但不幸的是，早在3个世纪前座头鲸就因过度的捕猎而灭绝了。柯克命令“赏金号”进入引力弹射状态，利用太阳的万有引力而穿越时空来到20世纪后期。星舰于1986年抵达了美国加利福尼亚州的旧金山市，船员们将星舰藏在金门公园的一处草坪上。此后，他们开始寻找能与外星探测器沟通的鲸鱼、能将鲸鱼装在星舰上的容器，以及能让猛禽舰恢复能源供应的物质——在星舰穿越时空的旅途中能源几乎被耗尽。柯克与斯波克最终获得了一位鲸类专家吉莉安·泰勒博士的协助，她在索萨利托市鲸鱼协会照料两头座头鲸。在经历了许多的困难后——包括让泰勒相信他们的确来自未来——进取号的船员们成功地营救了两头座头鲸，并将它们带到未来，及时地拯救了地球。然后船员们被带到了联邦委员会的面前，接受众多的指控。没有被作为被告的斯波克也与其他船员们站在了一起。最后，鉴于他们新近的英勇表现，除了对柯克中将的控告外，针对其余被告的所有控告都被撤销。柯克以作为一名上级军官却违背命令的罪行被判有罪，并象征性地被降职为上校以示惩戒；但作为对他英勇行为的表彰，他被任命为联邦星舰进取号-A的舰长。与进取号船员一同来到23世纪的泰勒博士，决定加入星际舰队并成为一名科学官。作为情节框架的支线剧情，展现了斯波克逐渐地恢复了他的记忆、他此前获得并接受的人类传统，以及他对自己情感的承认。在影片开始时，他不明白母亲询问他的“感觉”有何意义；但到最后，他已能足够意识到“感觉”对人类的重要性，并托父亲告诉母亲，他“感觉良好”。