21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。

蔚蓝浩瀚、平静无际的大海中央，漂浮着一只破破烂烂的小木筏。筏子上坐着疲惫不堪的汤姆，这只遭遇海难侥幸逃生的猫咪，说不清是幸运还是倒霉，他饥肠辘辘，被迫吃皮鞋填补肚皮。这时，他看见不远处有一座小岛，顿时喜上心头。及时出现的大浪将木筏推向岸边，被椰子砸到脑袋的汤姆顾不上疼痛，试图敲开椰子吃上一顿，却没有成功。之后他又盯上了海龟，一嘴下去反而硌碎牙齿。正在此时，不远处走来了打着遮阳伞的小老鼠杰瑞，在汤姆眼里那无疑是一顿丰盛的美味。饥饿的猫和聪明的小老鼠在岛上展开追逐战，杰瑞计上心头，化装成食人族土著，好好戏耍了汤姆一番……

每隔333年，强大而神秘的生物魁拔诞生天地之间，引起元泱界莫大的灾难。第六代魁拔魁拔蛮吉（刘婧荦 配音）悄然逃过一劫，而今随着蛮小满（王凯 配音）朝着最伟大妖侠的道路上不断前进。他们成功登上开往涡流岛的曲境一号，随着众多神圣联军战士逼近那个危险所在，指望打败魁拔建功立业。与此同时，天界魁拔司主神镜心（刘露 配音）准确测出新一代魁拔的正确方位。为了给这个难缠的对手以致命一击，她不惜使用牺牲地界生物的光势。在涡流岛上，神圣联军的先头部队遭到幽弥狂及其战友的强力扑杀。随后蛮小满、雪伦（敖磊 配音）、蛮吉随着镜心登岛，惨烈的战斗撼动元泱界的每一个角落……

清光绪年间，山河动荡，外忧内患，中国处在生死存亡的一线间。光绪皇帝（舒适 饰）当朝，却因慈禧太后（唐若青 饰）垂帘听政，身不由己，宛如傀儡一般。户部尚书翁同龢习光绪学经解义，并灌输启蒙思想，使光绪萌发变法之心；而光绪宠妃珍妃（周璇 饰）亦每日存下银两，以作军资。甲午惨败，翁同龢开缺回乡，临别前向光绪举荐康有为。戊戌年（1898年），光绪与维新派展开变法，却受到慈禧为首的顽固派的抵制，双方矛盾愈演愈烈。太后一方定下计谋，企图借天津阅兵之际废掉光绪；而维新一派亦相时而动，派出袁世凯（罗维 饰）刺杀荣禄，围执太后……