从小被喇嘛收养的刘曦（吴京饰），跟随养父吉祥（洪金宝饰）护送“贡佛天珠”，怎料途中被一群神秘人偷去。吉祥怀疑事件与多年前销声匿迹的“双子门”有关，于是找到了当年的校长常忠（元华饰）。为了尽快找到丢失的天珠，吉祥以及常忠决定重组“双子门”，从马戏团找回双胞胎姐妹珍珠（蔡卓妍饰）、宝珠（钟欣桐饰）以及其余学生。苦苦追寻终于发现天珠下落，与一班似乎同是“双子门”的人大打出手。刘曦最后抢到了“天珠”，却误交给常忠弟弟，常勇。同时也发现了更多的秘密。

清末，欧洲探险家泰莱为了寻找一座传说中的沙漠古城，来到新疆喀会噶尔城。 在一个不见主人的地摊上，他发现了一件1000多年前的中国古物，断定摊主就是能将他带往古城的理想向导，于是就用厚礼买通当地的清廷官员帮他寻找这个人。不想沙皇俄国驻喀什的领事却把那摊主的主人赛义德带给了泰莱，并举荐了一位被称为“东方通”的青年俄国军官毕齐柯夫给泰莱当翻译和助手。摊主依卜拉因因迫于残酷的压榨，带着唯一的亲人——孙子巴吾东逃亡在戈壁滩上，此时，被官府抓了回来，被迫带领泰莱的探险队向塔克拉玛干大沙漠进发。依卜拉因不甘心受侵略者的奴役，想将探险队拖垮，但他的计划被毕齐柯夫识破，依卜拉因被折磨致死。临终前，他眼见古城的文物被洗动一空。泰莱回国后，发现他这次掠夺中最重要的收获之一塔克拉玛干地图已被毕齐哥夫偷走。10年后，毕齐柯夫率一队俄国士兵在赛义德帮助下前来勘测塔里木河，已长大成人的巴吾东认出了残害爷爷的魔鬼，故意将他们引进急流。毕齐柯夫侥幸逃生，但等待他的却是十月革命的惊雷。30多年后，新疆刚获解放，解放军的勘测队在莽林中迷失了方向，巴吾东以为他们又是来践踏塔里木的魔鬼。以毕齐柯夫为首的一小股流窜土匪也隐藏在这一带丛林中。巴吾东为救垂危的女儿，向巫师求助，没想到请来了毕齐柯夫派来杀害他的强盗，幸而解放军及时赶到，救出了巴吾东父女。巴吾东终于明白了解放军正是祖辈盼望的救星，自觉担任了向导。敌人设下了陷阱。在一场敌我悬殊的搏斗中，巴吾东和世仇宿敌毕齐柯夫同归于尽

抗日战争期间，海外爱国侨胞筹集了一笔善款存于瑞士银行，作为抗日经费，提款的密码只有一个代号叫“财神”的人知道，但是“财神”从海外返回祖国时不幸被日军捉住，关在了732号集中营内。为了营救“财神”，中方派出了最优秀的特务天字一号（洪金宝 饰）、天字二号罗森（谭咏麟 饰）、 天子三号草木兰（梅艳芳 饰）在集中营外与日军头领周旋收集情报，天字四号华英雄（刘德华 饰）在集中营内接应。华英雄与狱友花生米（陈百祥 饰）、臭鸭蛋（楼南光 饰）、大香蕉（成奎安 饰）、棉花糖（郑则仕 饰）一起合作，与日军大佐（龙方 饰）斗智斗勇。最后在飞虎队成员，以及众多抗日勇士的帮助下天字特务组终于拿到了密码获得了经费。本片的明星阵容非常强大，融合了香港影坛近30位优秀演员参演，曾志伟、莫少聪、苗侨伟、陈勋奇等人也只是有几个镜头。

隋朝末年，隋将王世充的侄子王仁则（于承惠 饰）在督建河防工事时，杀死了起来反抗暴虐的神腿张，但令其儿子小虎子跳河逃离虎口。小虎子被少林僧人救起收入寺中后，为报父仇毅然削发为僧，法名“觉远”（李连杰 饰）。王仁则的侍卫长遇见牧羊女白无瑕（丁岚 饰）后垂涎其美色，强行将其 抢回府并欲酒 后施暴，恰巧被只身前来报仇的觉远发现。在救白无瑕逃生的过程中，觉远因武功欠佳被王仁则刺伤，促使其回到少林寺后更加刻苦练功。后因觉远救援被王仁则追赶的李世民，少林寺遭遇劫难，觉远身上的责任更重一层。