据说基拉祈只有一千年才会醒来一次，吸收千年彗星的力量，反哺给大地，从而使得法恩斯成为欣欣向荣的圣地。但就在这次苏醒前夕，魔术师巴特勒与他的女友兼助手黛安，将包裹基拉祈的结晶发掘并从法恩斯带走。为了观看千年彗星出现的那一瞬间，小智一行人前往将举办千年彗星庆典的游乐场。当他们跑到指南上所描述的地点时，却失望地发现这里是一片荒凉的空地。由于天色已晚，他们便在这里吃晚饭，并决定在此露营过夜。深夜，当大家都在睡梦中时，一群车队从山的那头驶过来，惊醒了小智一行人。在游乐场的小市上，小遥买下了一款挂饰“圆梦之星”，据说，在可以看见千年彗星的七天之间，每天晚上都默念愿望，折入一个星星的角，等第七个夜晚结束的时候愿望必定会达成。小智和小胜意外成为了魔术师巴特勒的幸运观众（因为小胜听到了黛安手中结晶发出声音而跑向舞台）。巴特勒告知小胜是吉拉祈发出了声音，随后将结晶托付给了小胜。在远方一片森林深处，岩石发出了绿光，这些绿光聚集到小胜眼前的结晶。结晶的光芒愈加耀眼，它漂浮到空中，在白色的光辉中伸展出许多白色线条，同时慢慢变形。待白光褪去，结晶已经变成了基拉祈。希望基拉祈真的能实现愿望，小胜向基拉祈许愿，希望得到糖果，糖果随即出现——但事实上基拉祈仅仅使用了瞬间转移从小市搬来了糖果，并没有创造它们。巴特勒的野心随即揭晓：他本是岩浆团的成员，致力于复活超古代神奇宝贝固拉多。他研发出了完美的系统，但无法找到足够的能源支持；为此，他企图利用基拉祈吸收的能量来满足自己的目的。预见了潜在危险的阿勃梭鲁——其出现往往昭示着灾难——带领黛安和小智一行启程赶回法恩斯。在基拉祈回归沉睡的前一天，小胜为即将失去一位朋友而感到失落，所以小智讲述了自己的朋友之一——小霞的故事，并说即便二人再难见面，但二人的友谊长存。在一行人赶到之前，巴特勒追赶而至，夺走了基拉祈并尝试获取能量。巴特勒的计划实施后，一只假固拉多被创造出来，后者开始将法恩斯化为荒芜，杀死了身周的植物，并不断吸收所有活着的生物。当戴安被假固拉多吞没之时，巴特勒终于认识到二人的感情才是最重要的，在小智与小胜的帮助之下，巴特勒终止了进程，假固拉多融化并最终消逝。基拉祈重新吸收了创造出固拉多的能量，并陷入了千年沉睡。小遥因为过度兴奋，忘记了折入最后一个星星的角。尽管小遥从未表明自己的愿望，她坚信这愿望定会成真。

今作の舞台は、連続ドラマ第2シーズンのラストから1年半後の夏。次女の里美が誕生し、万木家の人々はにぎやかな日常を過ごしていた。真也は異動先から野毛山警察署へ戻ることになったものの、試験で警部に昇任したことで、強行犯チームは気まずい雰囲気に。そんな折に朝顔のもとへ、同時にひき逃げされたとみられる男女の遺体解剖依頼が舞い込み、この出会いが彼女の人生に大きな影響を与えていく。そして物語のラストでは、育児や父の病状に悩む朝顔が家族とともに岩手・陸前高田市を訪れ、娘たちを見つめながらある決断をする。

自小由祖母养大的马那卫（钟家骏 饰），盼望长期在台湾工作的爸爸有天能回到兰屿，陪伴他的成长。学校里新来的年轻老师游仲勋（黄尚禾 饰），一心想争取记功嘉奖、早日调回台湾。学校报名参加了在高雄举办的全国原住民舞蹈大赛，仲勋自告奋勇担任指导老师，而马那卫也想趁机到台湾看爸爸，大家都为了梦想奋力一战。在集训过程中，仲勋却发现，孩子们对代表达悟文化的丁字裤显然排斥，不愿穿着它上台表演。为了让孩子们能顺利登台演出，仲勋尝试去理解、鼓励他们，从文化中找回骄傲与勇气。当他们终于踏上台湾的土地，仲勋和马那卫心中坚守的梦想，也因为这些日子的努力渐渐有了转变…...

随原作漫画第15卷DVD限定版同捆发售。