《阿雅与魔女》是改编自戴安娜·韦恩·琼斯的同名奇幻小说，故事描述不知道自己是魔女小孩的阿雅，在某一天被奇妙的家庭所收养，并且与坏心的魔女共同展开了生活，属于阿雅的奇幻故事就此展开。

影片讲述了遭遇中年危机的夫妇曹小军（刘亭作饰）与范文娟（宋梓侨饰）十年婚姻走到了尽头，离婚前夜两人相约来到旧居以作最后的了断，不料离开时却双双被困电梯。一场电梯脱险记伴随一场龙凤斗，在十平米不到的电梯里就此上演，两人历经周折百转千回却始终未能逃出困境，然而就在解数已尽之时却迎来了意想不到的转机。

普通百姓刘成（刘佩琦）为让从小拉小提琴的儿子刘小春（唐韵）的小提琴技艺有较大提升，带着他从江南来到北京，拜了性格怪异的江老师（王志文）为师，在学习过程中，刘小春逐渐与江老师成为忘年好友。风情万种的莉莉（陈红）与刘成父子俩住得很近，她让刘小春逐渐萌发生出莫名的爱恋。刘成偶然聆听过一位年轻人的精彩演奏后，登门拜访了其恩师余教授（陈凯歌），并说服对方收下刘小春为徒。刘小春怀着无奈与遗憾离开了江老师，投身余教授门下，却只收获了束缚与压抑，他开始怀疑“父亲的选择”，与父亲的关系越变越紧张。

一件奇案轰动了县城：县委刘书记的女婿罗伟被待业青年汤辉打伤，当夜死亡。出殡那天，灵车被公安局拦住，法医江文景要求开棺验尸。经检查，发现死者枕骨有凹陷性骨折，颈部肌肉坏死。公安局长派龚队长与江文景调查此案。在调查中，案犯汤辉与罗伟的爱人刘娜对发案的起因说法不一，使调查陷入困境。经科学鉴定，死者凹陷骨折系小圆形器械打击造成，颈部肌肉坏死是受化学药品腐蚀，从而断定这是谋杀。汤辉被释放后，侦破重点转到医院。然而，在案发当夜值班的赵医生拒绝配合调查，他回家后就昏倒在床上。经化验，他并非自杀，只是喝了刘娜为他冲的一杯麦乳精。正当公安局对刘娜进行调查时，外面传出了一系列有关江文景的流言。江文景置之不理，在家里用小白鼠做药品实验，终于揭开了死者肌肉坏死的原因：用稀硫酸向人的哑门注射，即可造成立即死亡，而皮肤无异常反应。显然，敲折颅骨是为了制造假相，嫁祸于人。刘娜被拘留后一直守口如瓶，案情毫无进展。彭县长建议立即放人，并指名要江文景下乡参加社队体改工作。一天，汤辉给江文景送去了一张他无意中拍下的刘娜与一男人拥抱的照片，那男人是个背影。他曾拿此照片敲诈过刘娜，刘娜高价买下了底片。案情有了新的突破。一天晚上，江文景的未婚妻忽然找到他，说是自己的弟弟--医生梅玉贵与刘娜发生了不正当关系，恳求江文景不要再查下去。江文景不顾未婚妻的请求，连夜去公安局汇报，走到护城河大桥时，被一蒙面人打下河去。一直暗中保护他的汤辉将他救起。江文景佯装昏迷被送到医院，梅玉贵借抢救之机，又以同样谋杀手段对付江文景，但江文景在护士的配合下巧妙地使用了"调包计"，使梅玉贵的恶行败露。县委刘书记也把刘娜带到现场，要求公安局对她拘留审查……