第一次宇宙大战后十年，是一个安定和平的年代，是地球重建的高潮阶段。一天，作战警报突然响起来了。在文化公园旁弃置多年的SDF－1突然开动起来，将一束粒子流射向天空。望着雨雾中的SDF－1，身为记者的神崎响露出了微笑。主炮自动开火这样的事在历史上只发生过一次，那是当年杰特拉蒂军初到太阳系的时候。那也是第一次宇宙大战的第一炮，凭着职业的本能响预感到有大事要发生了，就在这时他接到了去战场的指示。天顶星帝国是一个非常庞大的组织。尽管在当年的决战中，基干主力舰和帝国飞船大队被击溃，但在广大的宇宙中仍旧星罗棋布的分布着许多据点和侦测船队。十年以来，这些"散兵游勇"依据基干舰最后的座标方位，一批又一批的来到太阳系向地球发动进攻。而地球军也掌握了一整套行之有效的对策，"林明美作战"就是其中的核心。首先将明美的歌播放给敌人，以此扰乱这些从未接触过地球文化的天顶星战士。趁敌人混乱之际，地球军再伺机而攻。正是利用这一套办法，多年来地球军几乎不费吹灰之力的消灭了一批又一批的入侵部队。也由此确立了所谓的"联邦军不败"的神话。战场上敌人已经在混乱中被冲散了，一切都是十分顺利的依照计划进行，胜利似乎唾手可得了。一阵奇怪的声音从敌方的通讯回路里传来。虽然没有什么明显的节奏和旋律，但可以肯定的是这绝对是人为发出的声音，而且还是女人的声音。明美的歌声被压下去了，将军不禁惊出了一身冷汗，现在轮到地球军手忙脚乱了。在歌声中，敌人的战机变得灵活了。在重新编队以后，精神百倍的扑了上来。顷刻之间，联邦军的舰队就变成了一个五颜六色的大花丛，每一支花朵都是以吞噬无数生命为绽开的代价......曾几何时，这些骄傲的地球军早已变得衰弱无力，只会进攻没有还手之力的敌人。太多的胜利冲昏了人们的头脑，没有人想过那无敌的神话原来竟是如此的软弱和不堪一击......在爆炸的冲击波中，一架侦察机翻滚着，几次都险些被击中。借着爆炸的缺口，侦察机飞进了敌舰的内部，响意外的发现了一位昏迷不醒的少女。响归航了，望着后座上昏迷不醒的女孩，他下定了决心。他没有对任何人提起外星女孩的事，他要通过这个女孩挖掘出真相，这样才对得起死去的同伴......

翔和泰我是福冈县田川市的两个高三学生，他们从小一起长大，是彼此最好的朋友。每年镇子上的夏日祭，他们都会一起表演并参与太鼓演奏。然而在这一年的夏日祭前夕，泰我告诉翔，他想停止练习，专心为高考做准备。翔听到后有些震惊，对未来感到茫然不知所措。此时出现在翔面前的，是一位带着吉他、名为“都”的神秘少女。

故事的设定发生在当下，变种人族群遭到了前所未有的毁灭性打击，而这一切的根源是“魔形女”瑞文（詹妮弗·劳伦斯 Jennifer Lawrence 饰）在1973年刺杀了玻利瓦尔·特拉斯克（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 饰）。在得知“幻影猫”（艾伦·佩吉 E llen Page 饰）利用穿越时空的能力帮助Blink（范冰冰 饰）等战友逃脱巨型机器人“哨兵”的追杀后，X教授（帕特里克·斯图尔特 Patrick Stewart 饰）和万磁王（伊恩·麦克莱恩 Ian McKellen 饰）达成认同，决定让金刚狼（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）穿越回1973年，找到年轻的X教授（詹姆斯·麦卡沃伊 James McAvoy 饰）和年轻的万磁王（迈克尔·法斯宾德 Michael Fassbender 饰）并说服他们一起阻止魔形女的行动。于是，金刚狼踏上了回到过去的旅程，但是命运会不会发生逆转，任何人都无从知晓。

传奇佣兵部队“鹰之团”，在团长格里菲斯（樱井孝宏 配音）的率领下结束了百年战争，一跃成为米特兰王国的正规军。但是荣誉的顶点也正是衰落的开始，格里菲斯被国王投入“再生之塔”最底层的死牢，遭受常人难以想象的折磨，鹰之团也沦为叛军潜入丛林荒野，时刻遭到追兵的屠戮。黑暗而漫长的一年后，战神格斯（岩永洋昭 配音）重新归队，与代理团长卡思嘉（行成桃姬 配音）建立深深的信任，并在夏洛特公主（丰崎爱生 配音）的帮助下冒险救出格里菲斯。格斯让走投无路的鹰之团看到新的希望，而丧失了一切的格里菲斯则跌入绝望的谷底。当216年一次的日食出现，格里菲斯与霸王之卵再次邂逅，恶魔的血腥盛筵拉开序幕……本片根据漫画家三浦健太郎的同名原作改编，为“剑风传奇剧场版三部曲”的最后一部。