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六十年代，香港警察受贿成风，赌档粉档与中间人、警方组成的利益链大肆吸金，十年内警方受贿数额达当时的百亿港币之巨。九龙城区便衣火麒麟（黄秋生 饰）为破案不择手段，上峰施压，火麒麟如常去街上拉人顶罪，大学生韩志邦（方力申 饰）遭其陷害毒打，韩母托老警员找到警方与帮会的中间人猪油仔（王晶 饰）出面搭救得脱。人称乐哥的徐乐功（梁家辉 饰）时任华人总探，为人狂妄，出手大方。陈细九（陈奕迅 饰）心地善良尤擅察言观色，深得乐哥赏识，短短五年之内由普通便衣晋升至筲箕湾区探长，但代价之一是家中为掩人耳目收留了各位大哥的九名情妇……1974年，香港的贪污恶风震动国际，廉政公署成立，长官严国梁（林保怡 饰）聘用大学生韩志邦、失意警员火麒麟等组成第一批廉政专员队伍，严厉打击香港的地下规则。陈细九因贪污案发人财两空之际，却意外的发现了此生真爱……

马特是某欧洲投资基金合伙人。一大早接到公司另一个合伙人安德斯的电话，处理近期关于金融债权的麻烦事。马特的妻子希瑟希望他可以陪她去处理一些事务。小女儿艾米丽吃着早餐，大儿子扎克则想着怎么和自己的女朋友翘课。很快马特决定开车送两个孩子上学。路上，马特接了一个电话，对方称在车上安装了炸弹，如果不按照他的要求完成任务，他即将引爆炸弹。马特理所当然地认为这是一个恶作剧，挂掉电话。当电话再次响起，对方说出了马特的所有信息，并要求他将钱转入指定账户。马特才开始认真对待这个突如其来的电话。马特联系到同事希尔万，才惊觉他和妻子也在自家的车上也接到威胁电话。很快马特目睹了希尔万在自己眼前被炸弹炸死。马特愤怒了，誓要保护自己的孩子，抵抗到底。

C.E.75 ，战斗还在持续着。来自独立运动“蓝色宇宙”的进攻……为将事态平息，以拉克丝为第一任总裁的世界和平监视组织·COMPASS　成立，基拉等人作为其中的一员介入各地的战斗。就在这时，新兴国家“凡恩戴森”提出对“蓝色宇宙”根据地的联合作战。

竜神の滝近くにそそりたつ断崖で刃を交える机竜之助（市川雷蔵）と宇津木兵馬（本郷功次郎）。盲目の竜之助は断崖から落下するが、お豊（中村玉緒）に助けられる。お豊はやがて廓に身を沈めた後、病に侵され自害して果てるが、竜之助はそんなお豊の死に対して、少しの動揺も見せなかった。東海道を東へ向かう竜之助は道中、生け花の師匠・お絹（阿井美千子）と出会う。お絹は道中師・がんりきの百（小林勝彦）に狙われており、竜之助は百の右腕を斬り落すが、誤って谷底へ転落してしまう。竜之助はお徳（矢島ひろ子）によって助けられ、お徳から甲府勤番の旗本・神尾主膳（島田竜三）の強引なゆすりの話を聞き、主膳の宿へ乗り込むが捕縛され、逆に幽閉されしまう。ある夜、主膳は色と欲から有野村の馬大尽の一人娘・お銀（中村玉緒）に迫るが、お銀は竜之助に助けを求めた。お銀の顔にはむごたらしい火傷の後があった。だがその声に、お豊、お浜の面影を感じた竜之助はお銀を連れて大菩薩峠に舞い戻る。豪雨で笛吹川が氾濫を起こす中、竜之助はお浜との間に出来た息子・郁太郎を求めてさまよう。そして竜之助の噂を聞きつけた兵馬もまた大菩薩峠へ向かう。決着の時が近づいていた…。