美国国防部的一块电脑芯片不见了,里面存着高级的机密。国际犯罪分子也将其价格炒到了天文数字。为了能完成交易,犯罪分子将其藏匿在一台玩具遥控车里面,并顺利通过了机场的安检。不过,途中却阴差阳错的被一位老太太调包,最终这台藏着高级机密芯片的遥控车被送到了8岁男孩儿阿历克斯(亚历克斯·D·林兹 Alex D. Linz 饰)的手中。为了取回芯片,受过专业训练的犯罪分子潜入了阿历克斯所住的小区。一天晚上,阿历克斯因为长水痘而被独自留在了家里,这给犯罪分子极大的机会。不过……阿历克斯却不是他们想象中的8岁男孩儿,他有着让人意想不到的“武器”,最终用智慧打败了犯罪分子。由于之前两部的小主角麦考利克金在第三部开拍时已经长大,所以第三部启用了新的小主角亚历克斯·D·林兹。
洛北蓮台寺野で、名門京八流の宗家吉岡の御曹子清十郎の左肩を一撃のもとに打ち砕いた武蔵は、清十郎の弟伝七郎から仇敵とされ、吉岡道場門弟一同から居所を探られる破目となった。武蔵を探しているのは彼等ばかりではない。佐々木小次郎に追われる朱実、お杉婆ア、病床にふけるお通と、城太郎少年も武蔵の行方を追っていた。或る日、光悦にさそわれ遊廓扇屋に上る途中、伝七郎から果し状をつきつけられた。場所は蓮華王院三十三間堂、雪の中武蔵は伝七郎と相対した。青眼と青眼、二本の刀がひらめいた瞬間、武蔵は伝七郎と吉岡の門弟を薙ぎ倒していた。秘かに扇屋に戻った武蔵を吉野太夫はやさしくさとすのだった。翌朝、お通の居場所を知った武蔵は総門附近で吉岡一味にかこまれた。が突如佐々木小次郎が現われ、武蔵との決闘を決めた。明後日の朝、寅の下刻、場所は叡山道、一乗寺の麓薮之卿下り松、そして名目人は壬生源左衛門の一子源次郎を立てることに一決した。高札を見た群衆がひしめき、お杉婆アは息子又八の弔合戦といきみ合った。やがて当日、武蔵が叡山道にかかった時、病身のお通に会った。武蔵が斬り死にすれば自分も生きてはいないつもりというお通の言葉に、剣に生涯をかけた武芸者武蔵の心に、お通に対する恋慕がよぎった。一足先きに着いた武蔵は、松を中心に地形の頂点に立った。やがて吉岩方の姿が現われた。「七十三対一」瞬間、武蔵は相手方の配置を読み、地形を利用した自分の行動をきめた。「しかし勝負は何できめる、敵はおれ一人が目的、その俺の目標は、そうだ本陣だッ、総大将だッ」武蔵の見取図は源次郎少年を中心にひかれた--白鉢巻の間の手裏剣、大小の二刀流の体ごと、下り松に向い疾風逆落しと見事、剣は風を切った。