延续前一集的剧情,狮子亚历克斯(本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音)、斑马马蒂(克里斯·洛克 Chris Rock 配音)、长颈鹿迈尔曼(大卫·休默 David Schwimmer 配音)、河马格洛里亚(贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音)以及企鹅们,为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约,对一架破旧的失事飞机进行维修改造,并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时,飞机却意外降落,迫降到了非洲大草原上。在这儿,狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样,而且言行举止各异,使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们,在这野外艰难的环境中应该怎么办?虽然在这儿遇见了自己的同类,但因为习性不同,使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境,与同类们建立良好的关系,大家都是施展各种招式,笑料百出。
在下关半岛的大间渔港,渔民小滨房次郎(绪形拳 饰)独自将女儿养大,女儿鹭子(夏目雅子 饰)与咖啡店工作的青年俊一(佐藤浩市 饰)相爱。俊一为博得房次郎的欢心,决定随其学习打鱼。经过几天等待,二人终于遭遇金枪鱼群。房次郎只顾专心捕鱼,俊一则不慎被鱼线缠头,险些丧命。出院后的俊一夫妇搬回城里居住,房次郎终于孤身一人。一年后,俊一和鹭子回到渔村。某晚俊一出海未归,无线电中断。房次郎出海寻找,发现俊一正跟一条大鱼搏斗,筋疲力尽,奄奄一息……影片改编自吉村昭同名获奖小说,日本电影旬报评选八十年代百佳电影第33名。