公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。是次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。本作根据1995年动画电影《GHOST IN THE SHELL》改编，系剧情不变、画面完全重制的作品。
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富家千金祝英台化身男子，与侍婢银心一同前往尼山书院求学，途中偶遇了梁山伯和四九主仆。梁山伯对祝英台的聪慧和志向产生了好感，两人结为了八拜之交。祝英台暗中对梁山伯怀有爱意，而他们在同窗三年的时光里，彼此的感情也逐渐加深。然而，祝英台不得不按照父亲的命令返回家中，她决定向师母透露自己的真实身份，并托付师母将提亲的信物转交给梁山伯。在送别之际，祝英台多次向梁山伯暗示她的身份和对他的爱意，但梁山伯仍然一无所知，直到他恍然大悟，急忙前往祝家提亲时，却发现祝英台已被许配给马太守之子。梁山伯因失去所爱，病倒在床，临终前托付母亲将他埋葬在祝英台出嫁的必经之路上。祝英台决定为爱情牺牲自己，在出嫁的日子坚持顺道祭拜梁山伯的坟墓。就在这时，梁山伯的墓穴突然裂开，祝英台毫不犹豫地纵身跳入墓中，与梁山伯化作蝴蝶一同起舞，永远相伴相随。