延续前一集的剧情,狮子亚历克斯(本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音)、斑马马蒂(克里斯·洛克 Chris Rock 配音)、长颈鹿迈尔曼(大卫·休默 David Schwimmer 配音)、河马格洛里亚(贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音)以及企鹅们,为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约,对一架破旧的失事飞机进行维修改造,并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时,飞机却意外降落,迫降到了非洲大草原上。在这儿,狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样,而且言行举止各异,使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们,在这野外艰难的环境中应该怎么办?虽然在这儿遇见了自己的同类,但因为习性不同,使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境,与同类们建立良好的关系,大家都是施展各种招式,笑料百出。
19岁的幼儿园老师小笠原涉木(药师丸博子 饰)爱慕上学生的父亲御前崎渡(财津和夫 饰),夏日时分,涉木受御前崎邀请前往大阪辅导其孩子的功课。即将出发之时,涉木在海边巧遇四处旅行修炼、立志成为伟大魔术师的青年大东道健(野村宏伸 饰)。他们的旅行各有得失,涉木遭到御前崎妻子的嫉妒,无奈离开大阪,回到故乡冲绳;大东岛则迷上爵士女歌手伊势(桃井薰 饰),而伊势却和御前崎相恋,始终拒绝大东岛的追求。在这个炎热的夏天,四个人各自寻找着感情的归宿……