天文学研究生凯特(詹妮弗·劳伦斯 Jennifer Lawrence 饰)和她的导师兰道尔博士(莱昂纳多·迪卡普里奥 Leonardo DiCaprio 饰)在一次研究中震惊的发现,一颗像喜马拉雅山那么大的彗星正在全速向地球靠近,不出意外的话,6个月之后,这颗彗星会抵达地球,将这里的一切都毁灭。凯特和兰道尔找到了美国总统奥尔良(梅丽尔·斯特里普 Meryl Streep 饰),希望她能够重视此事,可是,他们得到的却是嘲笑和蔑视。之后,师徒两人转而向媒体求助,决定跳过政府,直接向民众揭露这个秘密,效果当然也不尽如人意,不仅如此,凯特还因为泄露了国家机密而遭到了FBI的逮捕。当奥尔良总统深陷艳照丑闻中之时,她终于想到了这两个可怜的科学家,于是,她决定再给他们一次机会,借由政府之口将地球将要毁灭的消息昭告天下。
据说基拉祈只有一千年才会醒来一次,吸收千年彗星的力量,反哺给大地,从而使得法恩斯成为欣欣向荣的圣地。但就在这次苏醒前夕,魔术师巴特勒与他的女友兼助手黛安,将包裹基拉祈的结晶发掘并从法恩斯带走。为了观看千年彗星出现的那一瞬间,小智一行人前往将举办千年彗星庆典的游乐场。当他们跑到指南上所描述的地点时,却失望地发现这里是一片荒凉的空地。由于天色已晚,他们便在这里吃晚饭,并决定在此露营过夜。深夜,当大家都在睡梦中时,一群车队从山的那头驶过来,惊醒了小智一行人。在游乐场的小市上,小遥买下了一款挂饰“圆梦之星”,据说,在可以看见千年彗星的七天之间,每天晚上都默念愿望,折入一个星星的角,等第七个夜晚结束的时候愿望必定会达成。小智和小胜意外成为了魔术师巴特勒的幸运观众(因为小胜听到了黛安手中结晶发出声音而跑向舞台)。巴特勒告知小胜是吉拉祈发出了声音,随后将结晶托付给了小胜。在远方一片森林深处,岩石发出了绿光,这些绿光聚集到小胜眼前的结晶。结晶的光芒愈加耀眼,它漂浮到空中,在白色的光辉中伸展出许多白色线条,同时慢慢变形。待白光褪去,结晶已经变成了基拉祈。希望基拉祈真的能实现愿望,小胜向基拉祈许愿,希望得到糖果,糖果随即出现——但事实上基拉祈仅仅使用了瞬间转移从小市搬来了糖果,并没有创造它们。巴特勒的野心随即揭晓:他本是岩浆团的成员,致力于复活超古代神奇宝贝固拉多。他研发出了完美的系统,但无法找到足够的能源支持;为此,他企图利用基拉祈吸收的能量来满足自己的目的。预见了潜在危险的阿勃梭鲁——其出现往往昭示着灾难——带领黛安和小智一行启程赶回法恩斯。在基拉祈回归沉睡的前一天,小胜为即将失去一位朋友而感到失落,所以小智讲述了自己的朋友之一——小霞的故事,并说即便二人再难见面,但二人的友谊长存。在一行人赶到之前,巴特勒追赶而至,夺走了基拉祈并尝试获取能量。巴特勒的计划实施后,一只假固拉多被创造出来,后者开始将法恩斯化为荒芜,杀死了身周的植物,并不断吸收所有活着的生物。当戴安被假固拉多吞没之时,巴特勒终于认识到二人的感情才是最重要的,在小智与小胜的帮助之下,巴特勒终止了进程,假固拉多融化并最终消逝。基拉祈重新吸收了创造出固拉多的能量,并陷入了千年沉睡。小遥因为过度兴奋,忘记了折入最后一个星星的角。尽管小遥从未表明自己的愿望,她坚信这愿望定会成真。